TP. Hồ Chí Minh, Ngày 16 tháng 10 năm 2026
Vừa qua, báo chí đưa tin về một bản án phúc thẩm do Tòa án nhân dân tối cao tại TP. H tuyên ngày 04/09/2025 (“Bản án”), thu hút sự quan tâm đáng kể của dư luận, đặc biệt là cộng đồng doanh nghiệp. Bản án đáng chú ý ở chỗ đây là trường hợp tương đối hiếm hoi một doanh nghiệp (với tư cách là nguyên đơn) khởi kiện thành công quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế do Cục Thuế TP. H ban hành năm 2022 (“Quyết định Xử phạt”).
Theo Quyết định Xử phạt, Công ty S bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính với tổng số tiền gần 12 tỷ đồng do khai sai thuế, dẫn đến thiếu số thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp.
Qua bài viết này, Indochine Counsel đúc kết những bài học và khuyến nghị nhằm giúp doanh nghiệp chủ động bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình trong các vụ việc tương tự.
Bối cảnh của tranh chấp
Sau khi Quyết định Xử phạt được ban hành, Công ty S khởi kiện vụ án hành chính tại Tòa án nhân dân TP. H, yêu cầu hủy Quyết định Xử phạt với lý do quyết định này không đủ căn cứ pháp lý và Đoàn thanh tra không chứng minh được thẩm quyền hợp pháp để tiến hành thanh tra thuế.
Tại phiên tòa sơ thẩm, Hội đồng xét xử chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty S và tuyên hủy Quyết định Xử phạt. Sau đó, Cục Thuế kháng cáo, đồng thời Viện kiểm sát nhân dân cấp cao tại TP. H kháng nghị bản án sơ thẩm.
Tại phiên tòa phúc thẩm, Tòa án bác cả kháng cáo và kháng nghị nêu trên, qua đó giữ nguyên bản án sơ thẩm.
Nhận định của Tòa án
Thứ nhất, Tòa án nhận thấy có sai sót liên quan đến điều kiện, tiêu chuẩn của các thành viên Đoàn thanh tra. Cụ thể, không thành viên nào của Đoàn thanh tra là thanh tra viên hoặc đã được bồi dưỡng nghiệp vụ thanh tra theo quy định của pháp luật. Cơ quan thuế cũng không thể viện dẫn lý do thiếu nhân lực để biện minh cho việc phân công những người không đáp ứng điều kiện theo quy định. Do hoạt động thanh tra được tiến hành và biên bản thanh tra được lập bởi những người không đủ điều kiện, Tòa án xác định biên bản thanh tra không có giá trị pháp lý. Theo đó, Quyết định Xử phạt được ban hành không đúng trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật.
Thứ hai, Tòa án nhận định nếu cơ quan thuế xác định Công ty S có dấu hiệu trốn thuế thì việc ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính là không được phép mà phải chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra theo quy định của Luật Thanh tra và Luật Xử lý vi phạm hành chính.
Bài học kinh nghiệm và Khuyến nghị
Từ Bản án nêu trên, Indochine Counsel khuyến nghị doanh nghiệp thực hiện các biện pháp sau nhằm hạn chế rủi ro tuân thủ pháp luật về thuế và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của mình:
1. Lưu giữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh giao dịch
Doanh nghiệp cần bảo đảm hóa đơn, chứng từ kế toán và hồ sơ giao dịch đầy đủ, phù hợp với quy định pháp luật. Trường hợp đối tác được xác định là không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc có các rủi ro tuân thủ khác, doanh nghiệp cần lưu giữ đầy đủ chứng cứ chứng minh giao dịch có thật, bao gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán, chứng từ giao nhận hàng hóa và biên bản nghiệm thu. Đây là căn cứ quan trọng khi giải trình giao dịch với cơ quan thuế, đồng thời giúp bảo vệ tính hợp lệ của các khoản chi phí được trừ và số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ (nếu có).
2. Soát xét đối tác kinh doanh định kỳ
Doanh nghiệp cần thường xuyên theo dõi, kiểm tra tình trạng pháp lý và thông tin tuân thủ pháp luật về thuế của đối tác, đồng thời cập nhật các thông báo chính thức có liên quan. Việc sớm nhận diện các vấn đề tuân thủ tiềm ẩn giúp doanh nghiệp đánh giá rủi ro của giao dịch, củng cố hồ sơ chứng minh và hạn chế khả năng phát sinh tranh chấp về thuế sau này.
3. Xây dựng hệ thống lưu trữ và truy xuất hồ sơ khoa học
Doanh nghiệp cần lưu trữ có hệ thống hợp đồng thương mại, hóa đơn, chứng từ thanh toán, báo cáo tài chính, sổ kế toán và hồ sơ kiểm toán. Bên cạnh đó, doanh nghiệp cũng cần lưu giữ hồ sơ của các cuộc thanh tra, kiểm tra trước đây, bao gồm kết luận, nội dung giải trình và các văn bản trao đổi với cơ quan nhà nước. Một hệ thống quản lý hồ sơ được vận hành tốt giúp doanh nghiệp kịp thời đáp ứng yêu cầu cung cấp thông tin và là nguồn chứng cứ thiết yếu khi khiếu nại hoặc khởi kiện.
4. Kiểm tra thẩm quyền và căn cứ pháp lý của đoàn thanh tra
Khi tiến hành thanh tra thuế hoặc thanh tra hành chính khác, doanh nghiệp cần xem xét quyết định thanh tra, nhiệm vụ được giao cho đoàn thanh tra và các điều kiện, tiêu chuẩn mà pháp luật yêu cầu đối với thành viên đoàn. Doanh nghiệp cũng cần kiểm tra việc thanh tra được thực hiện đúng phạm vi và thẩm quyền theo quy định. Việc lưu giữ biên bản làm việc, văn bản yêu cầu, biên bản bàn giao tài liệu và các giải trình bằng văn bản giúp làm rõ các tình tiết liên quan và bảo vệ quyền, lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.
5. Đánh giá tính hợp pháp của quyết định xử phạt hành chính trước khi xác định phương án xử lý
Khi nhận được quyết định xử phạt vi phạm hành chính, doanh nghiệp cần kịp thời đánh giá căn cứ pháp lý, thẩm quyền của cơ quan ban hành, trình tự, thủ tục đã thực hiện và chứng cứ làm căn cứ ban hành quyết định. Khi cần thiết, doanh nghiệp nên tham vấn luật sư để xác định cơ sở khiếu nại hoặc khởi kiện vụ án hành chính. Việc đánh giá pháp lý kịp thời và có căn cứ có thể giúp doanh nghiệp bảo vệ quyền lợi trước quyết định trái pháp luật, hạn chế thiệt hại tài chính và tránh bị buộc chịu trách nhiệm trên cơ sở thiếu căn cứ hoặc có sai sót về pháp lý.
Lời kết
Để khiếu nại hoặc khởi kiện thành công một quyết định hành chính trái pháp luật, doanh nghiệp không chỉ cần hiểu pháp luật mà còn cần có chứng cứ xác thực, lập luận pháp lý chặt chẽ và sự chuẩn bị kỹ lưỡng trong suốt quá trình khiếu nại, tố tụng.
Bản án cho thấy tầm quan trọng của việc tuân thủ trình tự, thủ tục theo quy định của pháp luật, đồng thời nhắc nhở doanh nghiệp cần luôn thận trọng khi làm việc với cơ quan thuế để bảo vệ quyền của mình. Bằng việc duy trì thực hành tuân thủ chặt chẽ và kịp thời xem xét các quyết định hành chính có dấu hiệu trái pháp luật, doanh nghiệp có thể quản trị tốt hơn rủi ro thuế và bảo vệ lợi ích chính đáng của mình.
Hy vọng những chia sẻ trên mang lại giá trị hữu ích cho Quý độc giả và Quý khách hàng.
—
Đọc các phần Phân tích Án lệ trước tại đây: Phần 1 | Phần 2
—
Đối với các vấn đề liên quan đến tuân thủ thuế, thanh tra thuế, xử phạt vi phạm hành chính hoặc tranh chấp thuế, vui lòng liên hệ với đội ngũ của chúng tôi:
☎️ (+84) 28 3823 9640
